L'abitato di Pertosa è sorto, con molta probabilità, nel secolo XII. Il nome del paese deriva, probabilmente, dal toponimo "pertusium", che significa stretta apertura, questo in quanto nelle descrizioni del paese si faceva riferimento al piccolo ingresso delle Grotte dell'Angelo, situate nei pressi dell'abitato.
Studi recenti fanno risalire l'origine delle grotte a trentacinque milioni di anni or sono, grotte che devono la loro importanza non solo alle ampie e artistiche concrezioni naturali ma anche all'attestata presenza nell'antro di uomini primitivi.
Le grotte hanno costituito, nel tempo, un riferimento stabile per il paese di Pertosa, come testimoniano i frequenti culti pagani delle popolazioni greche e, successivamente, romane.
Questi culti si sono poi tramutati. con l'avvento della religione cristiana, in devozione dell'Arcangelo Michele, al quale è dedicato l'altare all'ingresso delle cavità naturali.
Tale culto fu portato nella zona dai bizantini e proseguì con la dominazione longobarda.
Nell'XI secolo Pertosa è descritta come un casale di Caggiano (l'altro era Salvitelle), e tale riferimento è testimoniato dalla donazione del casale alla badia di Cava da parte di Alberto da Caggiano, di ritorno dalle Crociate al seguito di Roberto il Guiscardo.
Nel 1348 a causa di una violenta epidemia di peste, il paese si spopola in maniera consistente.
La storia successiva del casale segue le vicende dell'abbazia di Cava per la giurisdizione religiosa e di Caggiano per quella civile.
Nel 1694 Auletta e Pertosa si rendono così autonome dal feudo do Caggiano. Pertosa diverrà comune però solo nel corso del XIX secolo.
Nel periodo della seconda guerra mondiale, la grotta ha dato ospitalità alle gente del paese che cercava scampo dalle incursioni aeree, come sicuro ed ampio rifugio.
Le grotte sono molto caratteristiche e si snodano per 2500 m attraverso gallerie, immense caverne ed innumerevoli stalattitti e stalagmiti che spesso traducono la loro immagine in figure ben note o si lasciano liberamente interpretare.