L'abitato di Padula si affianca al colle su cui anticamente sorgeva la città romana di Consilinum, come testimonia il ritrovamento di resti tombali e di alcune ville romane.
Il posto dell'attuale paese viene occupato dagli abitanti di Consilinum, quando la loro città viene distrutta dai Saraceni nelle incursioni del IX secolo e, con molta probabilità, si lega alla presenza di monaci italo-greci, come testimoniato dalla chiesa di San Nicola de Donnis, di impianto bizantino e dai ruderi di San Nicola al Torone.
Nel 1296 Tommaso II di Sanseverino, acquista il feudo di Padula, tenuto sino ad allora dalle famiglie dei Fasanella e dei Sacchetto di Saccovilla, con ordine di Carlo II d'Angiò di erigere il castello e fortificare il borgo.
Nel 1305 i possedimenti del Monastero di Montevergine vengono donati ai certosini di San Brunone. Nasce così il primo nucleo di quella che poi diventerà una delle certose più importanti d'Italia.
Il borgo intanto si consolida ulteriormente: viene edificato il primo nucleo del castello con una possente cinta muraria ed una cappella palatina (attuale San Clemente). Nel 1383 la città non si rende partecipe della vittoria di Carlo III di Durazzo sugli Angioini (i cui fedeli servitori erano proprio i Sanseverino, signori di Padula): Questo allora incarica lo stesso Enrico Sanseverino di espugnarla.
Nei secoli successivi, il paese vive sempre più all'ombra della grande Certosa, anche se lo sviluppo del borgo viene favorito dal sorgere di alcuni conventi (gli agostiniani all'interno della cerchia muraria e i francescani a valle), di numerose chiese e palazzi.
La committenza Sanseverinesca si lega molto alle vicende di Padula e non solo esclusivamente per la Certosa, ma anche per altri complessi religiosi tra cui è da citare la fondazione nel secolo XV della chiesa e del convento di San Francesco dei Frati Minori.
Nel Settecento, la fioritura artistica si deve anche alla maestria di abili scalpellini e alla presenza di cave di pietra.
Vengono così eretti cappelle e vari palazzi, e l'espansione urbanistica subisci una forte spinta verso valle.
Nel corso del XIX secolo, le vicende alterne del paese si dividono tra storie di patriottismo, dinamiche positive di insediamento e terremoti tremendi come quello del 1957 che procurò molti danni a persone e cose.
Le positive condizioni di fine Ottocento mutano profondamente agli inizi del nuovo secolo, quando la prima emigrazione nelle Americhe provoca un calo pauroso nella popolazione.
Tra i tanti emigrati di Padula va ricordato il famoso poliziotto americano Joe Petrosino, la cui casa natale è ora sede di un museo a lui intitolato.